Tapi, cerita besar Harry Potter seri ke enam ini adalah ancaman kembalinya Lord Voldemort, si raja sihir ilmu hitam. Film ke enam dari tujuh seri Harry Potter ini pun dianggap sebagai yang terkelam.
Voldemort yang selalu jadi momok para penyihir keluar dari persembunyiannya. Death Eater, pasukan Voldemort, merayakan kembalinya raja mereka dengan memorak-morandakan kota. Tiga bayangan hitam melesat membelah London, menyisakan kehancuran.
Profesor Dumbledore (Michael Gambon), kepala sekolah Hogwarts, mengendus ancaman tersebut. Bersama Harry, Dumbledore menemui Horace Slughorn (Jim Broadbent). Slughorn adalah pensiunan Profesor Ramuan yang keluar dari Hogwarts. Istirahat dari Hogwarts, Slughorn terus masih menyimpan kenangan para murid terbaiknya, termasuk Tom Riddle (Voldermort), yang sejak awal menunjukkan ketertarikan besar terhadap Ilmu Hitam.